陕南乡村振兴研究中心独立运行，行政重大事项，由理事会决策；学术重大事项，由学术委员会决策；日常管理运行，在中心主任领导下，由中心综合办公室和各研究所协调组织实施。主要负责学术交流、学术会议、学术调研等学术活动的召集和事务处理，负责研究成果的统计汇总，负责日常行政事务。